Emmanuel Nunes iniciou os seus estudos em Harmonia, Contraponto e Fuga em 1959 com Francine Benoît, na Academia de Amadores de Música de Lisboa, onde também frequenta as aulas de Louis Saguer sobre Escrita Musical do Século XX, revelando-se estas últimas de extrema importância para o compositor. Entre 1960 e a sua partida para Paris, em 1964, tem aulas particulares de Composição com Fernando Lopes-Graça, uma vez que sendo membro do Partido Comunista, este havia sido proibido de leccionar pelo Regime Fascista. Entre 1962 e 1964 frequenta os Cursos de Verão de Darmstadt, onde se interessa sobretudo pelas aulas de Henri Pousseur e Pierre Boulez. Passa então um ano em Paris, preparando-se para estudar composição com Karlheinz Stockhausen e novamente com Henri Pousseur na Rheinische Musikschule de Colónia de 1965 a 1967.
